En un proyecto reciente nos encontramos con el siguiente problema. Al copiar bases de datos desde un servidor Domino sobre Windows 2003 a otro 2008 64bits via sistema de archivos, nos aparecía el siguiente problema al intentar acceder a la base de datos en el nuevo entorno Database is damaged and can't be repaired (UNID index).

Acaban de publicar una nota técnica en la que se comenta el problema.

La solución:

   updall -R -X
   fixup -F
   compact -c -i

teniendo en cuenta el uso de -b si está activo Transaction Logging