Si entre ejecución y ejecución de Mozilla Firefox, pierdes los cambios realizados en la configuración del navegador ( Herramientas / Opciones ), el problema puede, seguramente estar en el archivo prefs.js, ubicado en tu perfil de usuario ( en Windows XP ) en la ruta

%APPDATA%\Mozilla\Firefox\Profiles\xxxxxxxx.default\

Comprueba que no está bloqueado para escritura y si no es así elimínalo, así como todos los archivos del tipo prefs-n.js . Por supuesto, previa copia de seguridad.

Reinicia Mozilla, realiza cambios y comprueba que persisten.

Más información en Preferences are not saved